Hans Helighet Jigdal Dagchen Sakya föddes 1929 i sydvästra Tibet inom Phuntsokgrenen av Khön-släktlinjen. Rinpoche fick Theravada-, Mahayana- och Vajrayana-undervisning av sin far, Hans Helighet Sakya Trichen Ngawang Thutob Wangchuk, den 40:e troninnehavaren av Sakya i Tibet, och av andra framstående mästare. Han fick också den oavbrutna överföringen av Khön-släktlinjens Sakya-initieringar av Vajrakilaya och Hevajra, den kompletta Lamdre och de 13 gyllene Dharma.
Han fick sin utbildning i Sakya fram till 22 års ålder, varefter han reste till östra Tibet för att få mer avancerad andlig vägledning och där träffade han sina huvudlärare. Han blev en mycket lärd tantrisk mästare och förmedlade Lamdre många gånger i Tibet – i Kham och Sakya, såväl som i Nepal och Indien.
Sedan 1960 bodde Rinpoche i Seattle, i Amerikas förenta stater, där han engagerade sig intensivt för att bevara och förmedla den tibetanska buddhistiska traditionen. Han gav många undervisningar och initieringar i USA, Kanada, Europa och Östasien.
I Seattle grundade han också ett viktigt kloster som fungerar som säte för kulturella och religiösa studier i väst. År 2001 grundade han även Sakya Heritage Society i New Delhi, i syfte att bevara familjens arv för framtida generationer och för innehavarna av släktlinjen.
Den 8 maj 2014 accepterades det nya successions-systemet, som föreskriver en rotation vart tredje år av den sittande Sakya Trizin, enhälligt av Dolma Phodrang (H.H. Gongma Trichen) och Phuntsok Phodrang (H.H. Jigdal Dagchen).
Den 29 april 2016 gick Hans Helighet Jigdal Dagchen in i den djupa meditationen som kallas Thukdam och den 5 maj 2016 lämnade han sin jordiska kropp och gick in i Parinirvana.