Zijne Heiligheid Jigdal Dagchen Sakya werd in 1929 geboren in Zuidwest-Tibet, als lid van de Phuntsok-tak van de Khön-lijn. Rinpoche ontving Hinayana-, Mahayana- en Vajrayana-onderricht van zijn vader, Zijne Heiligheid Sakya Trichen Ngawang Thutob Wangchuk, de 40e troonhouder van de Sakya in Tibet, en van andere eminente meesters. Ook ontving hij de ononderbroken overdracht van de Khön-lijn, de Sakya-inwijdingen van Vajrakilaya en Hevajra, de volledige Lamdre en de dertien Gouden Dharma’s.
Hij volgde zijn opleiding in Sakya tot zijn 22e jaar, waarna hij naar Oost-Tibet reisde om verdere geavanceerde spirituele instructies te ontvangen. Daar ontmoette hij zijn belangrijkste leraren. Hij werd een hooggeleerde tantrische meester en gaf de Lamdre herhaaldelijk door in Tibet – in Kham en Sakya – evenals in Nepal en India.
Vanaf 1960 woonde Rinpoche in Seattle, in de Verenigde Staten van Amerika, waar hij zich intensief inzette voor het behoud en de overdracht van de Tibetaans-boeddhistische traditie. Hij gaf vele leringen en inwijdingen in de Verenigde Staten, Canada, Europa en Oost-Azië.
In Seattle richtte hij een belangrijk klooster op dat dienstdoet als centrum voor culturele en religieuze studies in het Westen. In 2001 stichtte hij in New Delhi ook de Sakya Heritage Society, met als doel de familie-erfenis te bewaren voor toekomstige generaties en voor de dragers van de lijn.
Op 8 mei 2014 werd het nieuwe successiesysteem, waarbij de troonhouder elke drie jaar wisselt, unaniem goedgekeurd door de Dolma Phodrang (Z.H. Gongma Trichen) en de Phuntsok Phodrang (Z.H. Jigdal Dagchen).
Op 29 april 2016 trad Zijne Heiligheid Jigdal Dagchen binnen in de diepe meditatie genaamd Thukdam, en op 5 mei 2016 verliet hij zijn aardse lichaam en bereikte hij het Parinirvana.