Seine Heiligkeit Jigdal Dagchen Sakya wurde 1929 im südwestlichen Tibet innerhalb des Phuntsok-Zweigs der Khön-Linie geboren. Rinpoche erhielt Hinayana-, Mahayana- und Vajrayana-Lehren von seinem Vater, Seiner Heiligkeit Sakya Trichen Ngawang Thutob Wangchuk, dem 40. Thronhalter der Sakyas in Tibet, und von anderen bedeutenden Meistern. Er erhielt auch die ungebrochene Übertragung der Khön-Linie, die Sakya-Einweihungen von Vajrakilaya und Hevajra, das vollständige Lamdre und die 13 Goldenen Dharmas.
Er erhielt seine Ausbildung in Sakya bis zum Alter von 22 Jahren, reiste dann in das östliche Tibet, um fortgeschrittenere spirituelle Unterweisungen zu erhalten, und traf dort seine wichtigsten Lehrer. Er wurde ein großer tantrischer Meister, äußerst gelehrt, und übertrug das Lamdre wiederholt in Tibet – in Kham und Sakya, sowie in Nepal und Indien.
Ab 1960 lebte Rinpoche in Seattle in den Vereinigten Staaten von Amerika, wo er sich intensiv für die Erhaltung und Übertragung der tibetisch-buddhistischen Tradition einsetzte. Er erteilte viele Lehren und Einweihungen in den Vereinigten Staaten, Kanada, Europa und Ostasien.
In Seattle gründete er ein wichtiges Kloster, das als Sitz für kulturelle und religiöse Studien im Westen dient. Im Jahr 2001 gründete er in New Delhi auch die Sakya Heritage Society mit dem Ziel, das Familienerbe für zukünftige Generationen und für die Inhaber der Linie zu bewahren.
Am 8. Mai 2014 wurde das neue Nachfolgesystem, das eine dreijährliche Rotation des amtierenden Sakya Trizin vorsieht, einstimmig vom Dolma Phodrang (S.H. Gongma Trichen) und dem Phuntsok Phodrang (S.H. Jigdal Dagchen) angenommen.
Am 29. April 2016 trat Seine Heiligkeit Jigdal Dagchen in die tiefe Meditation namens Thukdam ein, und am 5. Mai 2016 verließ er seinen irdischen Körper und trat in das Parinirvana ein.