Sa Sainteté Jigdal Dagchen Sakya est né en 1929 dans le sud-ouest du Tibet, au sein de la branche Phuntsok de la lignée Khön. Rinpoche a reçu des enseignements Hinayana, Mahayana et Vajrayana de son père, Sa Sainteté Sakya Trichen Ngawang Thutob Wangchuk, le 40ème détenteur du trône des Sakya au Tibet, et d’autres maîtres éminents. Il a également reçu la transmission ininterrompue de la lignée Khön, les initiations Sakya de Vajrakilaya et Hevajra, le Lamdre complet et les 13 Dharmas d’or.
Il a reçu son éducation à Sakya jusqu’à l’âge de 22 ans, puis s’est rendu dans l’est du Tibet pour recevoir des instructions spirituelles plus avancées et y a rencontré ses principaux maîtres. Il est devenu un grand maître tantrique, extrêmement érudit, et a transmis à plusieurs reprises le Lamdre au Tibet – au Kham et à Sakya, ainsi qu’au Népal et en Inde.
À partir de 1960, Rinpoche a vécu à Seattle, aux États-Unis, où il s’est intensément engagé dans la préservation et la transmission de la tradition bouddhiste tibétaine. Il a conféré de nombreux enseignements et initiations aux États-Unis, au Canada, en Europe et en Asie de l’Est.
À Seattle, il a fondé un important monastère qui sert de siège pour les études culturelles et religieuses en Occident. En 2001, à New Delhi, il a également fondé la Sakya Heritage Society, dans le but de préserver l’héritage familial pour les générations futures et pour les détenteurs de la lignée.
Le 8 mai 2014, le nouveau système de succession, qui prévoit une rotation tous les trois ans du Sakya Trizin en fonction, a été unanimement accepté par le Dolma Phodrang (S.S. Gongma Trichen) et le Phuntsok Phodrang (S.S. Jigdal Dagchen).
Le 29 avril 2016, Sa Sainteté Jigdal Dagchen est entré dans la méditation profonde appelée Thukdam, et le 5 mai 2016, il a quitté son corps terrestre, entrant en Parinirvana.